尼古拉二世于坎帕尼亚进攻本笃十世的军队时受挫，暂时无法打开局面，而在他的后方，希尔德布兰德所率领的德意志佣兵以及后面赶来的教会骑士们却给他带来了惊喜。
希尔德布兰德运用计策，分化瓦解图斯库卢姆家族和罗马贵族豪门，这些敌对者中并不是所有人都愿意为了支持出身于图斯库卢姆家族的敌对教皇本笃十世而抛家舍业的，此时罗马教廷在众人的心中拥有者极高的分量，特别是希尔德布兰德大教副，他的威望甚至超过了新教皇尼古拉二世，备受世俗贵族和教士们的尊敬。
在获得了图斯库卢姆城堡中的贵族支持之后，希尔德布兰德用里应外合之计攻克了该城堡，俘虏了一干与罗马教廷敌对的贵族豪门。
随后他有率军左突右击，先后攻克了蒂沃利、维泰博、奥尔维耶托等城，将盘踞在罗马的贵族豪门几乎横扫一空，使得战争的形势组建向罗马教会方向倾斜。
待平定罗马周边的贵族豪门之后，希尔德布兰德领兵南下与教皇尼古拉二世的军队汇合，当他们汇合的时候，这支军队的数量不但未曾减少，反而数量增加了近一倍，达到一万两千人之众。
这些增加的士兵大多来自语反正的罗马贵族豪门家族的士兵以及陆续领兵加入的教会骑士们。
此时，教皇尼古拉二世和希尔德布兰德手头上的军队已经是对面敌对教皇本笃十世的近两倍，还有许许多多罗马豪门家族投靠他们的麾下，盘踞在坎帕尼亚地区的本笃十世已经无以为继了。
最终给予他们最后一击的是从本笃十世后方出现的诺曼人大军，原来坦克雷德在领命离去之后，不甘心辛苦来一趟罗马之后只拿这么点功劳回去，于是他说服了卡普阿伯爵理查德.德.亨古，一同领兵从后方攻击本笃十世。
尼古拉二世和希尔德布兰德见前方出现了大批诺曼人大军在进攻本笃十世的阵地，便立即意识到这是一个击溃对方的大好时机，他们当即下令全境进攻本笃十世的本阵。
在诺曼人和教皇卫队的两相夹击之下，本笃十世和支持他的罗马豪门顿时奔溃，无数士兵狼奔北逐，贵族们和骑士们也不顾形象地策马狂奔，试图逃离这里。
本笃十世本来也是想要和罗马贵族骑士们一起逃走的，却不料被一群试图反正的士兵所擒获，被迫向教皇尼古拉二世和希尔德布兰德投降。
随着本笃十世束手就擒，聚拢在他身边的罗马贵族豪门势力也随之土崩瓦解。
1059年秋，尼古拉二世率领大军凯旋，此次他擒获了敌对教皇本笃十世，并迫使他放弃了教皇的身份，将他囚禁于圣阿涅塞隐修院内，这使得尼古拉二世在罗马教廷的威望大增，足以令他与克吕尼派的领袖希尔德布兰德大教副分庭抗礼。
拥有了足够的威望，但他的地位却不稳固，仅仅依靠克吕尼派的支持是不够的，于是他将目光投向了西西里王国的诺曼人。
为了确保自己的地位，尼古拉二世立即召见了随后赶来罗马的西西里国王凯撒.德.欧特维尔，接受了他的效忠，于西西里的诺曼人建立了牢固的联盟关系。
尼古拉二世和西西里的诺曼人的联盟对双方都是有利的，尼古拉二世凭借西西里诺曼人的支持巩固了他身为教皇的地位，使他手中的实力彻底凌驾于大教副希尔德布兰德、红衣大主教哈伯特、蒙特.卡西诺主教阿伯特.德.西德鲁斯等人之上。
同样的，作为交换，教皇尼古拉二世宣布承认诺曼人对西西里王国、阿普利亚、卡拉布里亚、萨莱诺、西西里等领地的合法所有权，使得诺曼人在当地的统治具有正当性和合法性。
于此同时，在伦巴第公国的帕威亚，发生了一起当地人和大主教、神职人员之间的冲突，尼古拉二世认为这是一个插手伦巴第公国事务、扩大罗马教廷影响力的的一个绝佳时机，更能彰显他权威，可谓是一句多得。
尼古拉二世闻讯后没有任何犹豫地派出了枢机主教彼得.达米安和卢卡主教安塞尔莫，也即后来的亚历山大二世，共同前往米兰，以解决帕维亚人与大主教和神职人员之间的冲突。
此时的结果自然是以教皇取得新的胜利而告终，当事人米兰大主教维多面临着严峻的教会冲突，不得不提出将米兰教会的权力，包括主教叙任权在内的诸多权力拱手让给了罗马。
随后，尼古拉二世在拉特兰宫中传召了米兰大主教维多和米兰的主教们，并顺势建立起了一个理事会，该理事会旨在延续希尔德布兰德的克吕尼派改革，加强对神职人员的纪律约束，极大的增强了罗马教廷的权威。
该理事会的建立标志着一个新时代的开始，也对未来新教皇选举拥有极大的影响力，它在随后的岁月中获得了对教皇神圣选举的监管权力。
以前，教皇选举实际上是由罗马贵族控制的，除非皇帝足够强大，能够从一段距离内进行干预，将他的意志强加于人，而现在，通过建立了理事会，尼古拉二世将教皇的选举权利归于罗马的枢机主教所组成的枢机团，并进行了一些列有关于教皇选举程序等方面的改革。
尼古拉二世通过一系列举措，巩固和加强了他的权威，使得他的威望远远超过了这些年来的其他教皇们。
然而，此时尼古拉二世还面临着一个极为严峻的问题，那就是如何处理好和诺曼国王威廉的之间的关系。