三好三人众与松永久通等人意图废黜现任征夷大将军足利义辉并不是出于他们的私心，而是为了三好家在京畿一带的霸权能够稳若磐石。在得知三好长庆一病不起和奄奄一息的时候，足利义辉借此准备开始恢复幕府将军的权力和一举将三好家的势力赶出山城国。
而三好三人众和松永久通等人依旧贼心不死，等到三好长庆病故和三好义继继任三好家的家督之后，他们便立即向新任家督三好义继‘请求’下达废黜现任征夷大将军足利义辉的命令。三好义继并不知道废黜现任征夷大将军足利义辉的结果对于三好家来说意味着什么，在他点头同意之后便与三好三人众、松永久通等人率军一万余以清水寺参旨的名义大摇大摆的进驻京都。
九月十日，足利义辉虽然得知了此次三好家率军上洛的人数比以往数千人的规模要大，但是并不认为他们会把自己怎么样，认为三好家仅仅只是为了恐吓自己罢了，故而并没有调集京畿一带的奉公众进入二条御所内协防。就连占据着近江今坚田城、坂本一带的明智光秀也没有让其率军进入山城国。
京都周边的百姓们就发觉大街上挤满是三好军整齐的阵势，三好家的武士们气焰十分嚣张，也不给出任何理由就堂而皇之的对二条御所展开围堵行动，不消半个时辰就把二条御所四面八方围个水泄不通，原先在相国寺周边驻守的三千余三好军也顺势离开相国寺前来支援，将左京地方通往京都的几条街道全部封锁。三好三人众与松永久通等人随即发布戒严令，即使大内里的诏令也不得出城，公卿们被堵在自己家门口禁止出外，百姓们只好关上房门瑟缩在屋子的角落里，向神佛祈祷着这场大战不要波及自己，一时间京都城内人心惶惶，大战的气氛非常浓烈。
与此同时，二条御所四面堀切纵横石垣增筑，御所内外有一百多名奉公众武士们驻守着，这些兵力是幕府眼下掌握在手里唯一的力量，看到势单力薄的武士们面对万倍于己的敌人，让他们不知不觉的想起这与幕府失权后数十年之间相似的尴尬场景，同样是无人可用和大军压境的尴尬。
足利义辉在穿戴好大铠后端坐于二条御所的大广间内，左右两侧跪坐着身披大铠的幕府奉公众武士们。在短短几天之内奉公众武士们脸上的焦虑畏惧之色也愈发浓重起来，昔日精神抖擞斗志昂扬的奉公众们此时此刻忧心忡忡不知该如何应对，一百余人对阵一万三千余人，除非他们个个都有源义经、武藏坊弁庆、平教经等猛将之能。否则还真的不知道该如何击退来犯的三好家大军。