在军事层面，胜负没有任何悬念，人人翘首以盼对江南士绅的清算。
当秦王以天子名义废了太子，软禁到北京的时候，很多人猜测秦王会改变以往铁血的政策，善待江南士绅以获得其支持，除了没有伤害朱慈烺这个证据，人们还敏锐的发现，局势尚未完全控制的时候。秦王已经在各地开恩科了，虽然和原本的八股取士已经完全不同了但是历朝历代开恩科都是拉拢读书人最为显著的办法。
但是，当江南大定，数十万军队控制重要城市和交通要道之后，人们才发现，原来的猜测只不过是幻想罢了。
人们这个时候发现，随着秦王南下的不仅有各军的虎狼之师，更有近千经验丰富的各级官吏，他们已经有过清算缙绅豪强的经验，与南京的官吏勋贵也无瓜葛，清算起来甚是得心应手，除了钱谦益等少数罪恶深重叛逆被处以极刑，更多士绅官员被处以抄家流放的处罚，这场大清算持续了半年，最终有近两百万人受到牵连，彻底拉开了大明强制移民新大陆的序幕。
在普通百姓看来，秦王的清算冷酷无情，似乎毫无畏惧，但是明眼人都是知道，秦王在尽可能的避免把这次清算与党争联系起来，为此让东林中一些德行高洁的人入朝为官，包括刘宗周在内诸多清流得以进入都察院供职，这种权力的妥协带来了许多意想不到的效果，清流加入朝廷，就像羊群里扔了一只狼，往日浑浑噩噩的局面被打破了。
如果说江南真的还有没有平定的地方，那就是郑家控制的福建了，而实际上，当秦王南下控制南京的时候，郑家就感觉大祸临头了。
当初郑森控制了郑家高层，避免郑家参与到荷兰与朝廷的海上争霸，虽然包括郑芝龙在内，郑家所有人再骂郑森，但是当东沙海战的结局传来的时候，郑家人才意识到自己的幸运。
后来，郑芝龙等人被释放，郑家也开始夹起尾巴做人，第一件事就是取消售卖行水旗，制止任何郑家的船队做海盗的行径，接着便是默认朝廷的水师进占澎湖，在郑芝龙的努力下，郑家已经从横行南中国海的海上霸主变成了一个遵纪守法按额交税的海商。
在秦王南下之后，郑芝龙感觉这类逆来顺受也不足以证明自己的顺从了，便派遣郑森将郑家所有商船上的武器全部搬下来入库，船上不必要的水手解散，甚至把几艘西夷样式的海船凿沉，饶是如此郑芝龙仍然是不放心，他亲自找到了王承恩，把手中精兵交由他统帅，并且交出了入闽必经之路的仙霞关，如此自废武功之后，郑芝龙随王承恩一道，前去仙霞关迎接秦王大驾。
郑芝龙这般做，多多少少是有所依仗的，他虽然与洋夷，南京叛逆有诸多瓜葛，但是说到底都没有和秦王刀兵相见过，而秦王麾下海军提督郑鸿逵，还是自己的亲弟弟，郑芝龙感觉自己还能保得一家平安的。
然而，出乎所有人预料的是，在仙霞关，郑芝龙直接被秦王麾下士卒绑缚起来，郑芝龙以为自己要人头落地的时候，却被一路押送到了福州。
他与诸多福建官员士绅一道被关押在牢狱之中，负责审讯的官员没有因为他是福建豪族就给他特殊待遇，也没有因为他曾经的狂妄而苛待他，完全把他当成江南附逆官绅中普通一员，审讯查证。
审讯进行了近一个月，一开始郑芝龙还有所隐瞒，却发现刑部官员对他极为了解，但是担心论罪当死，一直没敢多说，一直到郑森的私信到来，声明如实交代，便可保不死，郑芝龙这才和盘托出。
全部交代了不到三日，郑芝龙边被带到了一处别院之中，看到了正在书房里批阅文书的秦王，二在他的身边，还站着自己的长子郑森。
“郑一官，你生了一个好儿子呀。”孙伯伦笑着说到。
郑芝龙连称不敢，孙伯伦道：“罢了，还是说你的事情吧，按照刑部审讯的结果，罪名一共十八条，其中附逆、通番、贪污、逃税四项重罪，看在你并未对朝廷造成实际伤害，且有悔罪的行为上，附逆之罪和通番罪便免了，你还有两宗重罪，着实不好开脱，可看在郑鸿逵的面子上，本王也想放你一马，郑一官，还是看你的造化了，你可明白？”
郑芝龙抬起头，看向孙伯伦，眼睛里面全是疑惑，四宗大罪，一上来便是解决一半，另一半也可以商讨，秦王为什么帮着自己呢？
就算帮自己，也该是秦王恩典才能脱罪，又怎么说看自己的造化呢？
郑芝龙还在疑惑之中，郑森却是跪在地上，大声说到：“殿下，我父子愿意输金免罪！”
郑芝龙忽然抬起头，看向了孙伯伦，发现这位秦王殿下正略略点头，一点没有杀伐血腥的意味。
“感情这位秦王殿下贪财呀，这倒是好办了。”郑芝龙心中笑道，因为他不缺钱，说起豪富，天下怕是没有什么人比得过垄断数十年海贸的郑家了。
“殿下，贪腐与逃税是国朝弊病，罪臣亦然是不能免俗，才有今日的罪过，罪臣愿意输金赎罪！”郑芝龙认真说到。
孙伯伦见他表态，便说：“既然如此，便这么办理吧，你郑家这些年的欠税，限定三月内缴清，田税就不用多说了